Recherche sur l’histoire du Covid 19

Par Hugo Jalinière le 15.12.2020 à 11h04 ABONNÉS

https://www.sciencesetavenir.fr/sante/le-coronavirus-circulait-il-deja-en-europe-a-l-automne-2019_150011

Une étude vient ainsi de confirmer un cas d’infection au Covid remontant au 5 décembre 2019 en Italie. Plusieurs autres annonces récentes ont jeté le trouble sur la chronologie réelle de la pandémie, de son émergence à sa vitesse de propagation. Directeur de l’Institut de génétique à l’University College London, le professeur François Balloux décrypte l’actualité de la recherche des origines du virus.

SARS-CoV-2

Une image du virus SARS-CoV-2 transmise par les Instituts nationaux de santé (NIH/NIAD) le 11 août 2020.NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES/AFP/ARCHIVES – HANDOUT

ÉMERGENCE. Une équipe milanaise vient de publier dans Emerging Infectious Disease, le plus ancien cas confirmé d’infection par SARS-CoV-2 en dehors de Chine : un test PCR positif au SARS-CoV-2 obtenu sur l’échantillon nasopharyngé d’un enfant de 4 ans, prélevé le 5 décembre 2019 dans la région de Milan. C’est-à-dire avant même le premier “patient zéro” officiel chinois sur le marché de Wuhan en date du 10 décembre. Le mois dernier, une autre équipe italienne de l’Institut national des tumeurs publiait une étude dans Tumori Journal décrivant la découverte d’anticorps spécifiques dans des échantillons sanguins datant de septembre 2019. Une découverte qui “pourrait remodeler l’histoire de la pandémie” selon les auteurs. Au même moment, côté chinois, le message était plus direct et plus difficile à croire : “Nous avons d’abord découvert l’épidémie à Wuhan et l’avons signalée au monde entier, mais nous pensons maintenant que l’épidémie de Covid-19 est probablement apparue à l’étranger. Le fait qu’elle ait été découverte tôt en Chine ne signifie pas qu’elle en est le lieu d’origine.” Signé Zeng Guang, épidémiologiste membre du groupe d’experts de la Commission nationale de la santé et ancien directeur du Centre de contrôle des maladies chinois.

Jusqu’ici pourtant, les études considérées comme les plus solides sont celles dites de phylogénétique, dont la datation se base sur la fréquence des mutations du virus, et qui sont capables de retracer l’arbre généalogique des lignées virales. Toutes indiquent un saut d’espèce qui se serait produit entre août au plus tôt et début décembre.

L’Organisation mondiale de la santé vient ainsi de désigner un collège de dix experts en virologie, épidémiologie et zoonoses pour tenter de tirer ales choses au clair. Avec l’espoir de pouvoir se rendre “à un moment ou un autre” en territoire chinois selon l’Organisation mondiale de la santé. Avec son équipe, le Pr François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London (Royaume-Uni), a daté l’événement écologique qu’est l’émergence du virus entre le 6 octobre et le 11 décembre 2019. Ce spécialiste de la génomique, de l’évolution et de l’écologie des virus, revient pour Sciences et Avenir sur les incertitudes qui pèsent sur les origines du virus.

« Plusieurs études avec des conclusions très fortes sont non satisfaisantes »

Sciences et Avenir : En mars 2019 à Barcelone dans les eaux usées, chez des patients à Milan en septembre, en Inde dès mai 2019… Le virus a-t-il vraiment pu circuler avant même qu’il soit identifié en Chine ?about:blank

François Balloux : Toutes ces données peuvent être troublantes, mais il faut être prudent. Les études rétroactives sur des échantillons conservés à d’autres fins sont assez difficiles à réaliser correctement. Les tests très sensibles ont un risque intrinsèque de faux positif ; risque augmenté par la présence de quatre autres coronavirus assez communs qui peuvent potentiellement avoir une réactivité croisée avec le SARS-CoV-2. C’est vrai pour les eaux usées, le sang ou les prélèvements nasopharyngés. Plusieurs études avec des conclusions très fortes sont ainsi non satisfaisantes. En juin dernier, une équipe espagnole avait détecté des traces du coronavirus dans des eaux usées de Barcelone datant de mars 2019. Mais il n’y avait pas d’échantillons contrôle et les données n’étaient pas de bonne qualité. Le même genre d’erreur a été fait en Amérique du Sud. Et l’étude chinoise publiée fin novembre, qui donnait l’origine du virus en Inde en mai 2019 a été rétractée de la plateforme de prépublication du Lancet.Une équipe milanaise vient de publier dans Emerging Infectious Disease, le plus ancien cas confirmé d’infection par SARS-CoV-2 en dehors de Chine : un test PCR positif au SARS-CoV-2 obtenu sur l’échantillon nasopharyngé d’un enfant de 4 ans, prélevé le 5 décembre 2019 dans la région de Milan. C’est-à-dire avant même le premier “patient zéro” officiel chinois sur le marché de Wuhan en date du 10 décembre. Le mois dernier, une autre équipe italienne de l’Institut national des tumeurs publiait une étude dans Tumori Journal décrivant la découverte d’anticorps spécifiques dans des échantillons sanguins datant de septembre 2019. Une découverte qui “pourrait remodeler l’histoire de la pandémie” selon les auteurs. Au même moment, côté chinois, le message était plus direct et plus difficile à croire : “Nous avons d’abord découvert l’épidémie à Wuhan et l’avons signalée au monde entier, mais nous pensons maintenant que l’épidémie de Covid-19 est probablement apparue à l’étranger. Le fait qu’elle ait été découverte tôt en Chine ne signifie pas qu’elle en est le lieu d’origine.” Signé Zeng Guang, épidémiologiste membre du groupe d’experts de la Commission nationale de la santé et ancien directeur du Centre de contrôle des maladies chinois.

Jusqu’ici pourtant, les études considérées comme les plus solides sont celles dites de phylogénétique, dont la datation se base sur la fréquence des mutations du virus, et qui sont capables de retracer l’arbre généalogique des lignées virales. Toutes indiquent un saut d’espèce qui se serait produit entre août au plus tôt et début décembre.

L’Organisation mondiale de la santé vient ainsi de désigner un collège de dix experts en virologie, épidémiologie et zoonoses pour tenter de tirer ales choses au clair. Avec l’espoir de pouvoir se rendre “à un moment ou un autre” en territoire chinois selon l’Organisation mondiale de la santé. Avec son équipe, le Pr François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London (Royaume-Uni), a daté l’événement écologique qu’est l’émergence du virus entre le 6 octobre et le 11 décembre 2019. Ce spécialiste de la génomique, de l’évolution et de l’écologie des virus, revient pour Sciences et Avenir sur les incertitudes qui pèsent sur les origines du virus.

« Plusieurs études avec des conclusions très fortes sont non satisfaisantes »

Sciences et Avenir : En mars 2019 à Barcelone dans les eaux usées, chez des patients à Milan en septembre, en Inde dès mai 2019… Le virus a-t-il vraiment pu circuler avant même qu’il soit identifié en Chine ?

François Balloux : Toutes ces données peuvent être troublantes, mais il faut être prudent. Les études rétroactives sur des échantillons conservés à d’autres fins sont assez difficiles à réaliser correctement. Les tests très sensibles ont un risque intrinsèque de faux positif ; risque augmenté par la présence de quatre autres coronavirus assez communs qui peuvent potentiellement avoir une réactivité croisée avec le SARS-CoV-2. C’est vrai pour les eaux usées, le sang ou les prélèvements nasopharyngés. Plusieurs études avec des conclusions très fortes sont ainsi non satisfaisantes. En juin dernier, une équipe espagnole avait détecté des traces du coronavirus dans des eaux usées de Barcelone datant de mars 2019. Mais il n’y avait pas d’échantillons contrôle et les données n’étaient pas de bonne qualité. Le même genre d’erreur a été fait en Amérique du Sud. Et l’étude chinoise publiée fin novembre, qui donnait l’origine du virus en Inde en mai 2019 a été rétractée de la plateforme de prépublication du Lancet.

Il faut reconnaître que la situation est assez compliquée. À ce jour, l’étude la plus convaincante concernant les plus anciens cas recensés hors de Chine, c’est celle qui a découvert de l’ARN de SARS-CoV-2 dans des eaux usées du nord de l’Italie en décembre 2019. Or le fait qu’il y ait du virus dans les eaux usées suggère qu’il y avait déjà, à ce moment-là, un certain niveau de circulation. Preuve en est avec cette infection confirmée au 5 décembre 2019 chez un enfant de 4 ans, la plus ancienne connue hors de Chine. En France, le cas le plus ancien remonte à fin décembre 2019. Et en Chine, le “patient zéro” officieux du 17 novembre n’a jamais été contesté par les autorités chinoises.

Donc pour l’instant, ces données ne suffisent pas à réviser les estimations phylogénétiques. Et il faut être prudent car en plus de la technicité scientifique, il y a une dimension politique très importante. Les Chinois poussent très fort pour dire que ça ne vient pas de chez eux et s’emparent de tout ce qui va dans ce sens. Mais sur ces questions, il faut penser à distinguer la chronologie et l’origine de la pandémie. On peut très bien modifier la chronologie sans remettre en cause l’origine géographique et le scénario de diffusion, en Chine.

Le faisceau d’éléments est troublant, vous le dites. Comment envisageriez-vous une circulation à bas bruit du virus ou une période de latence prolongée ?

L’hypothèse la plus probable, c’est une introduction unique à partir d’un saut d’espèce d’un coronavirus au mois d’octobre ou novembre 2019. C’est ce qui ressort lorsqu’on détermine l’âge de l’ancêtre commun le plus récent à partir des premiers génomes séquencés. Mais on ne peut pas formellement exclure une circulation un peu avant. Ce qu’on peut imaginer, c’est une phase où le virus est un peu moins adapté à l’homme, avant d’acquérir rapidement certaines mutations favorisant la transmission. C’est ce qu’on a observé dans les élevages de visons : de nombreuses mutations sont apparues de façon indépendante. En laissant circuler le virus dans ces élevages, on aurait fini par ne retrouver que les souches les plus favorables à la transmission entre visons. Peut-être que cela s’est passé chez l’humain. Nos premiers génomes datent de toute fin décembre. Peut-être qu’on a raté cette fenêtre où ces quelques mutations favorables à la transmission chez l’homme seraient apparues. Pour plus de certitudes, il faudrait avoir des souches plus anciennes ; ou mieux, l’hôte ancestral, chauve-souris ou petits carnivores.

Est-il encore possible de retrouver cet ancêtre ?

On n’a pas identifié la population animale source, mais en échantillonnant beaucoup dans des populations naturelles, on finirait par trouver. Et je pense que je commencerais par la Chine. Jusqu’à présent on a identifié deux coronavirus relativement proches issues de certaines populations de chauves-souris en Chine. Mais ils sont à distance évolutive de 50 à 100 ans de notre SARS-Cov-2. C’est-à-dire que le coronavirus RaTG13 par exemple, qui a un génome semblable à 96% à celui de SARS-CoV-2, devrait évoluer et acquérir des mutations pendant au moins 50 ans pour correspondre à un ancêtre animal plausible.

« Je ne pense pas que le marché de Wuhan était le lieu premier de transmissions »

Cela aurait été plus simple si la détection de l’épidémie et de sa diffusion mondiale avait été plus rapide. N’y a-t-il pas eu du temps perdu avec le marché de Wuhan par exemple ?

Je ne pense pas en effet que le marché de Wuhan était le lieu premier de transmissions. Mais c’était crédible et c’est donc normal de l’avoir envisagé au début. Il ne faut pas négliger la difficulté qu’il y a à identifier un nouveau pathogène et évaluer sa dangerosité. Environ 200 virus respiratoires sont en circulation chez l’humain, et ils causent tous des symptômes un peu similaires, avec des décès régulièrement, chez les personnes âgées surtout. Chez ces dernières, il est rare de faire un test PCR pour savoir si c’est un rhinovirus ou un coronavirus qui a causé l’infection. Donc il est très vraisemblable qu’il a fallu un peu de temps pour que les premiers cas soient identifiés, qu’on réalise qu’il s’agit d’un nouveau pathogène.

Lancer l’alerte un mois plus tôt que le 31 décembre 2019 aurait-il changé quelque chose ?

Peut-être, mais il est possible aussi qu’il était déjà trop tard. Je ne suis vraiment pas un grand ami des autorités chinoises, mais je ne suis pas certain que d’autres grands pays développés auraient fait beaucoup mieux. Beaucoup d’autres gouvernements auraient cherché au début à rationaliser et donc minimiser une situation de ce type.

Au niveau de la diffusion géographique de la pandémie, il faut relever la vitesse de propagation. En Angleterre par exemple, lors de la première phase pandémique au printemps, il y a eu au minimum 1000 introductions indépendantes du virus depuis l’extérieur. Identifier le patient zéro sur le territoire est donc quasiment impossible. Même la Chine a connu de nombreuses réintroductions. Lors de la première vague, toute la diversité génétique du virus était présente dans quasiment tous les pays, sorte de population panmictique où tout se mélange. Les choses se sont un peu structurées après avec les fermetures de frontières et les restrictions de déplacements.

Est-il possible de mieux anticiper l’émergence de tels virus ?

Je ne devrais peut-être pas dire ça, car j’ai plusieurs projets de recherche pour prétendre augmenter nos capacités à prédire d’où viendront les prochaines pandémies. Mais sur la prédiction, il faut être assez réaliste. Il existe un très grand nombre de pathogènes zoonotiques non décrits. Les estimations varient un peu, mais entre les mammifères et les oiseaux, on est largement au-dessus du million de virus, dont 10% pourraient infecter l’humain. Et c’est sans compter les bactéries ou les champignons. 

Donc on ne peut pas tout surveiller tout le temps. Et si tous les moyens sont concentrés sur certains types de virus, comme les coronavirus en Chine par exemple, on n’est pas à l’abri qu’un autre, moins connu et plus dangereux émerge ailleurs. En 2009, il y avait un effort très important notamment au Vietnam pour prédire l’émergence d’une nouvelle grippe aviaire. Et c’est finalement au Mexique qu’est apparue la grippe porcine H1N1. La pandémie fut moins grave qu’annoncée.

Enfin, quand bien même on se donnerait les moyens de tout surveiller tout le temps, on ne pourrait pas pour autant tout fermer à chaque fois qu’un nouveau pathogène est identifié ici ou là.

Trop de surveillance n’est pas forcément souhaitable. L’émergence d’un pathogène problématique est extrêmement stochastique. Il ne faut pas chercher à faire des hypothèses trop fortes sur quelle sera la prochaine crise sanitaire. Il faut simplement être mieux préparé lorsqu’elle arrivera.

COVID-19

4 réflexions sur “Recherche sur l’histoire du Covid 19

  1. Bonsoir M. Bertez
    Les contacts journaliers par avion entre le nord de l’italie , où les chinois ont racheté nombre d’entreprises et sont nombreux avec Wu Han font que même si le premier échantillon de sars cov 2 a été , à ce jour, identifié en Italie, il n’est absolument pas exclu qu’il provienne de Chine.

    Et une grande partie du monde de la recherche ,de l’industrie pharmaceutique, des assurances et de la politique espère peut être très fort que le virus soit d’origine « sauvage » , ce serait tellement plus simple et moins coûteux!
    Cordialement

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